A 3-indolecetsav egyfajta növényi auxin. Az auksinnak számos élettani hatása van, amelyek összefüggenek a koncentrációjával. Az alacsony koncentráció elősegítheti a növekedést, a magas koncentráció pedig gátolja a növekedést, még a növényeket is elpusztítja. Ez a gátló hatás összefügg azzal, hogy képes-e előidézni az etilén képződését. Az auxin fiziológiai hatása két szinten nyilvánul meg. Sejtszinten az auxin stimulálhatja a kambium sejtek osztódását; stimulálja az ágak megnyúlását és gátolja a gyökérsejtek növekedését; elősegítik a xilém és a flém sejtek differenciálódását, elősegítik a dugványok gyökerét és szabályozzák a kallusz morfológiáját. Szerv- és egész növényi szinten az auxin a palántától a gyümölcsérésig működik. Az Auxin szabályozza a palánták hipokotil megnyúlásának reverzibilis vörös fénygátlását; amikor átkerül a hajtások alsó oldalára, elágazó geotropizmust eredményez; amikor átkerül a hajtások háttérvilágítású oldalára, elágazás fototropizmust eredményez; A 3-indolecetsav csúcselőnyt okoz, és késlelteti a levél öregedését. Az auxin elősegíti a virágzást, előidézi a partenokarpikus gyümölcs fejlődését és késlelteti a gyümölcs érettségét.